SMA Santo Benediktus dulunya bernama SMA Kandayan Pahauman didirikan tahun 1980 dengan Surat Keputusan (SK) yang di tandatangani oleh Kepala Kanwil Depdikbud Provinsi Kalimantan Barat Nomor : 3142/I.14.2/A.1981 Tanggal 24 Desember 1981. Nomor Satistik Sekolah (NSS) : 302130903006. Nomor Induk Sekolah (NIS) : 300060. Nomor Pokok Sekolah Nasional (NPSN) : 30104454.

Sejak Tahun Pelajaran 2009/2010 secara yuridis formal pengelola Yayasan Kandayan menyerahkan pengelolaan SMA Kandayan kepada Keuskupan Agung Pontianak (KAP) dengan Akta penyerahan hak Nomor 26 Tanggal 12 Juni 2009, selanjutnya KAP menyerahkan kembali pengelolaan SMA Kandayan kepada Yayasan Pengabdi untuk Sesama Manusia (YPSM) yaitu sebuah Yayasan yang dikelola Kongregasi Suster SFIC (Sororium Franciskalium ab Immaculata Conceptione a Beata Matrei Dei =  Suster Fransiskus dari perkandungan tak bernoda Bunda Suci Allah) yang berkedudukan di Pontianak dengan akta penyerahan hak Nomor 51 Tanggal 18 Juni 2009 di hadapan Notaris/PPAT Suwanto, S.H. di Pontianak. Oleh pengelola yang baru (YPSM) SMA Kandayan diganti namanya menjadi SMA SANTO BENEDIKTUS, dengan Nomor Surat 06/YPSM/SMA.SB/UM/2009.

Sesuai dengan Visi “BERPERSTASI DAN BERAKHLAK MULIA BERDASARKAN CINTA KASIH” tenaga pendidik dan kependidikan berupaya semaksimal mungkin untuk menjadikan para peserta didik selalu berperstasi baik dalam bidang akademik maupun non akademk dan tamatan SMA ini di harapkan dapat melanjutkan ke Perguruan Tinggi baik Negeri maupun Swasta di dalam maupun di luar Kalimantan barat, baik biaya pribadi maupun yang dibiayai oleh Pemda Landak melalui jalur tes, dan menjadi pribadi – pribadi yang dapat dibanggakan berakhlak mulia saling mengasihi di antara sesama manusia.